医院设有呼吸与危重症医学科一病区、呼吸与危重症医学科二病区、神经内科一病区、神经内科二病区、神经内科三病区、神经内科四病区、神经内科五病区、神经内科重症监护病房、肾脏内科、消化内科一病区、消化内科二病区、心血管内科一病区、心血管内科二病区、心血管内科三病区、心血管内科四病区、冠心病监护病房、血液净化科、血液内科一病区、血液内科二病区、内分泌科、中医科、肿瘤内科一病区、肿瘤内科二病区、肿瘤内科三病区、中医肿瘤放疗科、大血管外科、心血管外科、骨科一病区、骨科二病区、普通外科一病区、普通外科二病区、普通外科三病区、普通外科四病区、普胸外科一病区、普胸外科二病区、神经外科、小儿外科甲乳外科、心脏外科、泌尿外科、介入手术部、麻醉与围术期医学科（手术部）、麻醉与围术期医学科（心外手术部）、妇科、产房、产科一病区、产科二病区、儿科一病区、儿科二病区、儿科三病区、儿科六病区、眼科、耳鼻喉科、口腔科、感染性疾病科、急诊科、康复医学科、全科医学科、特需病房、疼痛皮肤科病区、重症医学科、CT室、ECT室、TCD室、病理科、超声诊断科、放疗科、放射科、核磁共振室、检验科、脑电图室、体检科、纤支镜、消化内镜室、心电图室、电生理科等临床科室和医技科室。
一、河南省医学临床特色专科：心脏外科、普通外科。
二、河南省医学重点培育学科：普通外科、普胸外科、心血管外科、神经外科、心血管内科、内分泌科。
三、南阳市医学临床重点专科：普通外科、神经内科、普胸外科、心血管外科、消化内科、心血管内科、呼吸内科、骨科、泌尿外科、肿瘤内科、儿科、眼科。
四、南阳市医学临床特色专科：腔镜外科、麻醉手术科、血液内科、妇产科、肾病风湿科、内分泌科、神经外科。
一、优势病种：先天性心脏病、房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭、股骨头坏死、高位截瘫、糖尿病坏疽、脑瘫、偏瘫后遗症、冠心病、心衰、高血压、心律失常、呼吸道感染、急慢性支气管炎、哮喘、肺气肿、慢性肝病、急性胰腺炎、上消化道出血、消化系统肿瘤、泌尿系肿瘤、妇科肿瘤、新生儿呼吸窘迫综合征、新生儿高胆红素血症、骨伤、骨病、骨肿瘤、骨结核、白血病、重型再障性贫血、多发性骨髓瘤、微小病变型肾病、局灶节段性肾小球硬化、糖尿病及其急慢性并发症、甲状腺疾病。
二、优势技术：大血管疾病的支架介入治疗、心脑血管疾病的介入治疗、永久起搏器植入、脑内介入治疗帕金森、造血干细胞、脐带干细胞移植治疗血液病、自体骨髓干细胞治疗肝硬化、肺大疱切除、胸膜活检、肺肿瘤楔形切除、肺叶切除术、髋关节置换、膝关节置换、前列腺汽化电切术、巨大前列腺等离子剜除术、腹腔镜下肾囊肿去顶减压术、高血压脑出血显微镜下手术清除血肿或微创穿刺引流、各部位窦旁巨大脑囊瘤切除术。
